Wenn entsprechende genetische Veranlagungen für Autoimmunerkrankungen vorhanden sind, reichen geringe zusätzliche Belastungen aus, um die Krankheit zum Ausbruch zu bringen. Manchmal ist eine Darmflorastörung der berühmte Tropfen, der das Fass zum Überlaufen bringt. Hashimoto Patienten verfügen offensichtlich über ein anderes Mikrobiom, als gesunde Probanden. Aktuelle Studien zeigen sehr deutlich, dass es bei der Hashimoto-Thyreoiditis wichtig ist, auch die Darmflora in die Therapieüberlegungen mit einzubeziehen. In Studien fehlten im Darm der Patienten Bakterien mit zungenbrecherischen Namen wie „Bacteroidetes“, „Faecalbacterium prausnitzii“ und „Prevotella-Keime“.